Информация о документе

Цена 35000UZS
Размер 2.3MB
Покупки 0
Дата загрузки 29 Май 2025
Расширение docx
Раздел Курсовые работы
Предмет Химия

Продавец

Telzor Uchun

Дата регистрации 21 Апрель 2025

24 Продаж

INSDC – nukleotidlarning ketma-ketligi bo’yicha xalqaro ma’lumotlar bazasi

Купить
O‘ZBEKISTON RESPUBLIKASI OLIY TA’LIM, FAN VA INNOVATSIYALAR VAZIRLIGI URGANCH DAVLAT UNIVERSITETI Tabiiy fanlar fakulteti biologiya yo’nalishi 195-guruh talabasi Rasulov Sardorxo’ja n ing Bioinformatika fanidan KURS ISHI M avzu: INSDC – nukleotidlarning ketma-ketligi bo’yicha xalqaro ma’lumotlar bazasi. Bajardi: ____________ Qabul qildi : ____________ Urganch-2023 1 Reja: Kirish. I-bob. Adabiyotlar taxlili II-bob. Asosiy qism 2.1. Yaponiyaning DNK ma’lumotlar banki – DDBJ haqida. 2.2. Nukleotidlar ketma-ketligi ma’lumotlar bazasi – EMBL haqida. 2.3. Milliy biotexnologiya axborot markazi – NCBI haqida. Xulosa. Foydalanilgan adabiyotlar. 2 Kirish. Mavzuning dolzarbligi: Bu mavzuni o'rganish, genomika, bioinformatika va genetik sohalardagi yutuqlarning genetik ma'lumotlar yig'ish, tahrir qilish, qayta ishlash va ularga kirish uchun xalqaro standartlarni tushunishiga va ularga qarab genetik ma'lumotlarni jamlash, taqdim etish va ularga xalqaro kirish imkonini ta'minlash uchun qo'llaniladigan vositalar haqida tushuntirishiga yordam beradi. Shu bilan birga, INSDC o'zining ma'lumotlar bazasi orqali genetik tadqiqotchilar va genetik sohalarda ishlashgan boshqa mutaxassislar uchun genetik ma'lumotlarga kirish imkonini ta'minlaydi. INSDC, bu sohada qaror qabul qiluvchilar, universitetlar, akademiyalar, kompaniyalar, tadqiqotchilar va boshqa shaxslar uchun yorliqlar ko'rsatadi va ularni genetik sohadagi yutuqlarga ko'proq kirish imkonini ta'minlaydi. Bioinformatika va Biotexnologiya sohalarida INSDC, juda muhim o'rni o'zida yig'ib olishi bilan bilib olingan. Bu tizim, genomika, transkriptomika, proteomika va boshqa ko'plab genetik sohalarda yuritilgan tadqiqotlar va yutuqlarni jamlash uchun yagona platforma hisoblanadi. Bu sohalar, genetik ma'lumotlarni to'playdigan va yoritadigan, ularga tahlil qilish, yoritish va ularga xalqaro kirish imkoniyatini ta'minlaydigan ko'plab metodlarni qo'llaydi. Biotexnologiya sohasida INSDC, genetik sohadagi biotexnologik tadqiqotlarni qo'llaydi. Bu sohada, genom, transkriptom va protein ma'lumotlarining o'rganishiga, ularga mos keladigan metodlarni yaxshilash va eng yaxshi ma'lumotlarni qidirish va tahlil qilish uchun INSDC tizimidan foydalaniladi. Bioinformatika sohasida nukleotidlarning ketma-ketligi bo’yicha xalqaro ma’lumotlar bazasini o'rganish jarayoni quyidagi bosqichlardan iborat bo’ladi: Ma’lumotlar bazasining asosiy tushunchalarini o’rganish: INSDC, DDBJ, EMBL, NCBI, va SRA ma’lumotlar bazalarini o’rganish. Ma’lumotlar bazasiga kirish va uni ishlashda kerak bo’lgan asosiy vositalarni o’rganish: NCBI Entrez, Ensembl, UniProt, BLAST, va Clustal Omega. 3 Mavzuning maqsadi: "INSDC- nukleotidlarning ketma-ketligi bo’yicha xalqaro ma’lumotlar bazasi" mavzusini o'rganishning maqsadi, genomika, bioinformatika va genetika sohalarida ishlash uchun genetik ma'lumotlar, genomlar va genomik ma'lumotlar bazasiga kirish imkonini tushunish va foydalanishni o'rganishdir. INSDC, genomik sohada yutuqchi ilmiy jamoalar, korporatsiyalar, akademik institutlar va universitetlar uchun xalqaro standartlarni taqdim etadi va bu sohada ishlash uchun mos ma'lumotlarni taqdim etishga imkon beradi. INSDC, genetik ma'lumotlar va genomik ma'lumotlar bazasi orqali, genetik sohada ishlash uchun foydalanish uchun genetik ma'lumotlarga kirish imkonini ta'minlaydi va bu sohada yangi yutuqlarni yaratishga va genomik ma'lumotlarni tahlil qilish uchun yangi texnologiyalarni ishlab chiqishga imkon beradi. Nukleotidlarning ma’lumotlar bazasini ishlatishni o’rganish: nukleotid sekvenslarini izlash, filtrlash, tahrirlash va analiz qilish. Ma’lumotlarning tafsilotli tahlil qilinishi: ma'lumotlar bazasidan tashqari nukleotid sekvenslari tafsilotli tahlil qilinishi, nukleotid sekvenslari tahliliga bioinformatika usullarini qo’llash va ketma-ketligi bo’yicha tahlil qqilish Bioinformatika sohasidagi eng so'nggi yangiliklarni va texnologiyalarni kuzatish va o’rganish: bioinformatika sohasidagi eng yangi qadriyatlar, tajribalar, va texnologiyalarni kuzatish va ularga ijobiy ta'sir ko'rsatish Bioinformatika sohasida INSDC, genomika, transkriptomika va proteomika kabi sohalarda genetik ma'lumotlarning tahlil qilish, yoritish, yig'ish va ularga xalqaro kirish imkoniyatini ta'minlash uchun ko'plab vositalar va tizimlar taqdim etadi. Bu tizimlar, genetik ma'lumotlar bilan ishlash uchun qulay bo'lib, ularga tahlil qilish, yoritish va ularga xalqaro kirish imkoniyatini ta'minlashda yordam beradi. Biotexnologiya va Bioinformatika sohalarida yuritilgan tadqiqotlar va yutuqlar bilan bog'liq genetik ma'lumotlarni yig'ib olish va ularga xalqaro kirish imkoniyatini ta'minlash uchun yagona platforma hisoblanadi. Bu tizim, genetik sohadagi iste'molchilar uchun muhim qo'llanma hisoblanadi va bu sohalar bo'yicha yangiliklar, yutuqlar va o'zgarishlar bilan yaxshi ko'pshilikda birlashadi. 4 Mavzuning vazifalari: INSDC tizimi, ma'lumotlarni yig'ish, jamlash, tahlil qilish, taqdim etish va ularga xalqaro kirish imkonini ta'minlash uchun ko'plab vositalarni taqdim etadi. INSDC ma'lumotlar bazasi, genetik sohada yuritilgan muhim yutuqlarga o'zining zanjiri tufayli xalqaro darajada ulanadi. Bu yutuqlar, genomik, transkriptomik, proteomik kabi ko'plab sohalardagi tadqiqotlar va yutuqlarga bog'liq ma'lumotlarni o'z ichiga oladi. Genomika sohadagi ba'zi turli yutuqlar bilan ham bog'liqdir. Bu yutuqlar, genomik ma'lumotlar yig'ish uchun eng katta qurilma sifatida xizmat qiladigan katta ma'lumotlar bazalari hisoblanadi. INSDC ma'lumotlar bazasi, qayta ishlanadigan genomlar, mukammal genomlar, transkriptomlar, proteomlar kabi turli turli genetik ma'lumotlar bilan to'plangan. Bu ma'lumotlar, genetik tadqiqotlarni o'rganish va yutuqlarga yo'nalish berishda yaxshi ko'pshilikda foydalaniladi. Bularning barchasi INSDC tizimida yaxshi ko'pshilikda yig'ib olinadi va ularga xalqaro kirish imkonini ta'minlaydi. “ INSDC – nukleotidlarning ketma- ketligi bo’yicha xalqaro ma’lumotlar bazasi” mavzusini o'rganishdagi vazifalar quyidagilardan iborat bo'lishi mumkin: 1. INSDC, DDBJ, EMBL va NCBI haqida umumiy tushunchani o'rganish, ularga qanday yondashuv etish va ulardan foydalanishni bilish. 2. Nukleotid ketma-ketliklari va genomik bilgilar bo'yicha keng tushuncha yaratish. 3. Nukleotid ketma-ketliklarining qanday yaratilishi va taxonlari haqida tushuncha olish. 4. INSDC ma'lumotlarini o'qish va tahlil qilish uchun vositalarni o'rganish va ulardan foydalanish. 5. Nukleotid ketma-ketliklari va genomik bilgilari taxonlarni ajratish uchun qanday ishlatishni tushunish. 6. INSDC'dagi ma'lumotlarni tahrirlash va yuklash protseduralarini tushunish. 5 7. Nukleotid ketma-ketliklari va genomik bilgilar bo'yicha ma'lumotlarni qayta ishlash, integratsiya qilish va analiz qilishni o'Xalqaro nukleotidlar ketma- ketligi ma lumotlar bazasi hamkorligi (INSDC; ʼ I-bob. Adabiyotlar taxlili. Dunyo miqyosidagi olimlar ushbu annotasiyalardan tajribalarni rejalashtirishda yoki tahlillarni nashr qilish uchun foydalanishlari mumkin. Ilmiy nashrlarni chop etishda ilmiy adabiyotlardan foydalangan holda, ilmiy izlanishlar asl nusxasini keltirish lozim bo‘ladi. 6 INSD ma’lumotlariga kirishni cheklaydigan, ushbu annotasiya ma’lumotlardan foydalanishni cheklaydigan yoki ular asosida nashrlarning ayrim turlarini taqiqlangan annotasiyalarni o‘tkazib bo‘lmaydi. Xususan, foydalanish bo‘yicha cheklovlar yoki litsenziyalash talablari ketma-ketlik ma’lumotlari annotasiyalarga kiritilmaydi va ma’lumotlar bazasini qayta taqsimlash yoki undan foydalanishda cheklovlar yoki litsenziyalash to‘lovlari bo‘lmaydi. INSD-ga taqdim etilgan barcha ma’lumotlar bazalari annotasiyalar ilmiy nashrlar bazasiga bog‘langan bo‘ladi. Xatolarni tuzatish va mualliflar tomonidan annotasiyalarning yangilanishi qabul qilinadi va noto‘g‘ri annotasiyalar bazaning keyingi nashridan olib tashlanishi mumkin, ammo barchasi kirish raqami orqali doimiy ravishda saqlanib qoladi. Taqdim etuvchilarga INSD tomonidan qo‘llab-quvvatlanadigan veb-saytlarda aks ettirilgan ma’lumotlar keng jamoatchilikka oshkor qilinishi tavsiya etiladi. Ma’lumotni topshirish huquqiga ega ekanliklarini aniqlash uchun yuboruvchilar javobgar hisoblanadi. DDBJ ma'lumotlar kutubxonasi 1980 yilda nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlari va tegishli ma'lumotlar bazasini to'plash, tartibga solish va tarqatish uchun tashkil etilgan. 1982 yildan buyon bu ish DDBJ (NCBI, Bethesda, AAQS va Yaponiyaning DNK ma'lumotlar bazasi (Mishima) bilan hamkorlikda amalga oshirildi. DDBJ/DDBJ/DDBJ uchta xalqaro hamkorlikdagi ma'lumotlar bazalarining har biri butun dunyo bo'ylab xabar qilingan ketma-ketlik ma'lumotlarining bir qismini to'playdi. Barcha yangi va yangilangan ma'lumotlar bazasi yozuvlari har kuni hamkorlik qiluvchi ma'lumotlar bazalari o'rtasida almashinishini ta'minlash uchun protseduralar mavjud. Ma'lumotlar bbazasini portlovchi o'sishi davom etmoqda - ketma-ketlik texnologiyasi deyarli shtrix-kod kabi DNKni o'qish vositalarini yaratdi. DDBJ Release 48 (1996 yil sentyabr) 609302 252 nukleotidni o'z ichiga olgan 931 582 ketma-ketlik yozuvlari haqida xabar beradi va 1996 yil oxiriga kelib ma'lumotlar bazasi 1 000 000 dan ortiq yyozuvlarn o'z ichiga olishi kutilmoqda. So'nggi paytlarda ketma-ketlik ma'lumotlarining ko'payishi, asosan, Inson genomi loyihasi kabi katta ketma-ketlik loyihalarining natijasidir. Ushbu loyihalar ommaviy ma'lumotlar banklarida 7 mavjud bo'lgan juda ko'p miqdordagi DNK ketma-ketligi ma'lumotlarini beradi.Alohida olimlar tomonidan to'g'ridan-to'g'ri ma'lumotlarni taqdim etish turli xil elektron mexanizmlar, masalan, EBI WWW Submission Tool tomonidan osonlashtiriladi, bu nashrdan oldin ma'lumotlar bazasiga ketma-ketlik ma'lumotlarini va tavsiflovchi biologik ma'lumotlarni elektron shaklda taqdim etish imkonini beradi. Ko'pgina jurnallar jurnal maqolalarida paydo bo'ladigan ketma-ketlik ma'lumotlari nashrdan oldin Xalqaro nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalariga taqdim etilishini kutishadi. Majburiy taqdim etish siyosati, ma'lumotlar bazasiga kirish raqamlarini maqolalarda muntazam chop etish, shuningdek, ayrimyirik jurnallar tomonidan "Mundarija" ro'yxatlarini erta tarqatish yangi ketma-ketlik ma'lumotlarining o'z vaqtida mavjudligi va tarqalishini ta'minlaydi. DDBJ nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi allaqachon mavjud ma'lumotlar bazasi yozuvlarida bibliografik ma'lumotnomalarni yangilash kontekstida Evropaning barcha yirik molekulyar biologiya jurnallarini skanerlashni davom ettirmoqda. Evropa Patent idorasi (EPO) bilan davom etayotgan hamkorlik natijasida 25 000 dan ortiq nukleotidlar va oqsillar ketma-ketligi qo'lga kiritildi, ular 1960 va 1993 yillar oralig'ida patent hujjatlarida nashr etilgan (Patent Backfile) va ilgari elektron shaklda ochiq bo'lmagan. EPO va EBI o'rtasidagi hamkorlik kontekstida 1994 yildan beri elektron shaklda EPOda olingan patent ma'lumotlarini integratsiyalash uchun yangi yo'nalish mavjud (Patent Front fayli). Kelajakdagi ba'zi yirik ishlanmalar genom loyihalaridan kelib chiqadigan o'sib borayotgan ma'lumotlar miqdorini qayta ishlash va tartibga solish mexanizmlarini yaratish, juda uzun ketma-ketliklarni (masalan, to'liq xromosomalar) qayta ishlash protseduralarini, shuningdek, virtual ketma-ketlik yozuvlarini ko'rsatishni o'z ichiga oladi. To'liq DDBJ nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi har chorakda ixcham disklar to'plamida tarqatiladi. CD-ROMda ma'lumotlarni so'rash va olish uchun dasturiy ta'minot ham taqdim etilgan. Barcha yangi va yangilangan yozuvlarning kundalik qo shimchalarini o z ichiga olgan ma lumotlar bazasi EBIʻ ʻ ʼ ttarmog i xizmatlari va Yevropa molekulyar biologiya tarmog i tugunlaridan ʻ ʻ foydalanish mumkin. DDBJ nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi 8 yozuvlari taksonomiya asosida bo'limlarga guruhlangan. Ma'lumotlar bazasi yozuvlari DDBJ tekis fayl formatida tarqatiladi, bu ko'pgina ketma-ketlikni tahlil qilish dasturiy paketlari tomonidan qo'llab-quvvatlanadi. Yassi fayl yozuvining har bir satri satrdagi ma'lumotlar tturini ko'rsatadigan ikki belgidan iborat satr kodidan boshlanadi. Foydalanuvchi uchun qo llanma hujjati tegishli satr kodlari vaʻ tavsiflarga muvofiq to liq ma lumotni taqdim etuvchi EBI WWW sahifalarida ʻ ʼ mavjud Cheklangan tahririyat nazorati va ba’zi ichki ekspert tekshiruvlaridan tashqari, masalan, INSD formatlaridan to‘g‘ri foydalanish va CDS yozuvlarida ko‘rsatilgan kodlash hududlarining tarjimasi tekshirish o‘tkaziladi, yozuvning sifati va aniqligi ma’lumotlar bazasi emas, balki taqdim etuvchi muallifning zimmasiga yuklanadi. Ma’lumotlar bazalari iloji boricha sifatli manbaga erishish uchun ma’lumotlar bazasi taqdim etuvchilari va foydalanuvchilari bilan ishlaydi. DDBJ markazi rasman tadqiqotchilar tomonidan nukleotid ketmaketliklar to‘plash va ma’lumotlar jamlash uchun tasdiqlangan halqaro baza hisoblanadi. DDBJ markazi har kuni ENA/EBI va NCBI bilan chiqarilgan ma’lumotlarni almashtirganligi sababli, uchta ma’lumot markazi har qanday vaqtda deyarli bir xil ma’lumotlarni o‘zaro almashadi. Deyarli yagona ma’lumotlar bazasi INSD deb ataladi. DDDB asosan yapon tadqiqotchilari tomonidan natija ma’lumotlarni to‘playdi,Yapon tadqiqotchilarining INSD ma’lumotlarining 99% DDBJ orqalitaqdim etiladi.Patent arizalariga ko‘ra tegishli nukleotid va aminokislotalar ketma-ketligi ma’lumotlarini taqdim etish: INSD Yaponiya, Koreya, Yevropa va AQShda Patent idoralari tomonidan to‘plangan patent- mualliflik ixtirolari ilovalar bilan bog‘liq nukleotid natija ma’lumotlarni o‘z ichiga oladi. DDBJ markazi, shuningdek, Yaponiya va Koreyada patent idoralari tomonidan to‘plangan patent ilovalar bilan bog‘liq aminokislotalar natija ma’lumotlarni beradi. INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) 1987 yilda tuzilgan bo'lib, dunyo bo'ylab nukleotidlarning ketma-ketligi bo'yicha xalqaro ma'lumotlar bazasi sifatida faoliyat ko'rsatadi. Bu tizim orqali DNK, RNK va protein sekvensiyalari kabi biologik materiallarning ketma-ketligi haqida ma'lumotlar saqlanadi. INSDC-ning asosiy 9 manbalaridan biri National Center for Biotechnology Information (NCBI) hisoblanadi. INSDC dan tashkil topgan tashkilotlar tuzilgan davrda: Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Tibbiyot Kitobxonasi (National Center for Biotechnology Information - NCBI) Yaponiya DNA Data Bank of Japan (DDBJ) Avrupa Molekulyar Biologiya Laboratoriyasi (European Molecular Biology Laboratory - EMBL) Bu tashkilotlar molekulyar biologiya, genetika, bioinformatika, epidemiologiya va boshqa ko'plab sohalarda faoliyat ko'rsatadigan uzmanlar tomonidan yaratilgan. INSDC ning maqsadi, dunyo bo'ylab genetik ma'lumotlarni to'plamak, saqlash va ularga ochiq-muxbirlik yoli bilan murojaat qilishni ta'minlashdir. Bunday yig'ilish tizimi genetik tadqiqotlar, molekulyar diagnostika, evolyutsion va epidemiologiya kabi sohalarda foydali ma'lumotlarni taqdim etish uchun xizmat ko'rsatadi. INSDC, dunyo bo'ylab genetik ma'lumotlarni to'playdi va ularga xalqaro kirish imkoniyatini ta'minlaydi. Bu, ma'lumotlarni biriktirish, tahlil qilish, foydalanish va ularga ko'chirish uchun yagona platforma hisoblanadi. INSDC ma'lumotlari, genetik soha, epidemiologiya, fiziologiya, zoologiya, botanika va boshqa ko'plab ilmiy sohalarda foydalaniladi. INSDC, genetik ma'lumotlarni biriktirish, tahlil qilish, ularga kirish imkoniyatini ta'minlash va ularga xalqaro kirish imkoniyatini ta'minlash uchun katta imkoniyatlar yaratadi. INSDC ma'lumotlariga, NCBI, EBI va DDBJ kabi asosiy manbalar orqali kirish imkoniyati mavjud. Bu ma'lumotlar genetik soha, epidemiologiya, fiziologiya, zoologiya, botanika va boshqa ko'plab ilmiy sohalarda foydalaniladi. INSDC, genetik ma'lumotlarni uzoq muddatli saqlashni ta'minlaydi va ularni tarjima qilish, yoritish va ularga o'zgarishlar qilish imkoniyatini ta'minlaydi. Bu tizim, genetik ma'lumotlarning yagona manbai emas, balki boshqa hamkorlik tizimlari, biotexnologiya firmalari va ilmiy jamiyatlar kabi boshqa manbalardan ham ma'lumotlarni biriktirishi mumkin. INSDC, genetik ma'lumotlar bilan 10 ishlashga, ularni yoritishga, qarab ko'rishga va ularga xalqaro kirish imkoniyatini ta'minlashga yordam beradi. INSDC, genetik ma'lumotlarni yagona platformada biriktirib, ularga xalqaro kirish imkoniyatini ta'minlaydi. Bu ma'lumotlar, NCBI, EBI va DDBJ kabi manbalardan toplanadi va ularga bog'liq protokollarga rioya etiladi. INSDC, genetik ma'lumotlar bilan ishlash uchun bir nechta vositalarni taqdim etadi. Bunday vositalar quyidagilar bo'lishi mumkin: Entrez: Bu, NCBI platformasidagi boshqa vositalarga qaraganda genetik ma'lumotlarni qidirish uchun yagona sayt hisoblanadi. Entrez, NCBI manbalari orqali biriktirilgan DNK, RNK va protein sekvensiyalari kabi genetik ma'lumotlarga yoritish va ularga kirish imkoniyatini ta'minlaydi. BLAST: Bu, ma'lumotlarni tahlil qilish uchun qo'llaniladigan bir vosita hisoblanadi. Bu, DNK, RNK va protein sekvensiyalari kabi genetik ma'lumotlarni qidirish, ularga mos keladigan ma'lumotlarni topish va ularga xalqaro kirish imkoniyatini ta'minlash uchun qo'llaniladi. SRA (Sequence Read Archive): Bu, qisqa vaqt davomida olingan genetik sekvensiyalarni saqlash va ularga xalqaro kirish imkoniyatini ta'minlash uchun yaratilgan xizmat hisoblanadi. Bu tizim, genom va transkriptom analizi kabi ma'lumotlarni yoritish uchun ham foydalaniladi.Xalqaro nukleotidlar ketma-ketligi ma lumotlar bazasi hamkorligi (INSDC; http://www.insdc.org ) ommaviyʼ nukleotidlar ketma-ketligi to g risidagi keng qamrovli ma lumotlarni olish, saqlash ʻ ʻ ʼ va taqdim etish majburiyatini olgan uchta global hamkorni o z ichiga oladi. ʻ INSDC jismoniy shaxslar va tashkilotlarning nukleotid ma'lumotlarini jamoat arxivlariga ishonchli tarzda topshirishlarini osonlashtirish uchun ma'lumotlar va metama'lumotlar uchun standartlar, formatlar va protokollarni o'rnatadi. Ushbu ish tirik mavjudotlar haqida doimiy, global ma'lumot almashish imkonini beradi. Bu erda biz INSDC ning 2015 yildagi yangilanishini taqdim etamiz, jumladan ma'lumotlarning o'sishi va diversifikatsiyasi, nashriyotchilar tomonidan o'z ma'lumotlarini jamoat arxivlariga topshirish uchun yangi standartlar va talablar. INSDC hayot fanlari bo'yicha ma'lumotlarni almashish uchun namuna bo'lib 11 xizmat qiladi. Xalqaro nukleotidlar ketma-ketligi ma lumotlar bazasi hamkorligi (INSDC; ʼ http://www.insdc.org ) birlamchi ilmiy ma lumotlarga jamoatchilik kirishini ʼ qo llab-quvvatlovchi eng yirik, eng uzoq muddatli hamkorliklardan biridir. U ʻ nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlari va metama'lumotlarni yig'ish uchun standartlar, formatlar va protokollarni yaratishga rahbarlik qildi va 1980-yillarning boshidan beri ma'lumotlarni topshiruvchilar va ilmiy jurnallar uchun xalqaro tan olingan kirish raqamlari tizimini taqdim etdi. INSDC hamkorlari (alifbo tartibida): Yaponiyaning Mishima shahridagi Milliy Genetika institutida joylashgan Yaponiyaning DNK ma lumotlar banki (DDBJ; http://www.ddbj.nig.ac.jp/ ); ʼ Evropa nukleotidlar arxivi (ENA, www.ebi.ac.uk/ena) Buyuk Britaniyaning Kembrij shahridagi EMBL Yevropa bioinformatika institutida (EMBL-EBI); va GenBank ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank ) Milliy Biotexnologiya Axborot Markazida (NCBI) Bethesda, MD, AQSh. INSDC siyosati ( http://www.insdc.org/policy.html ), birinchi marta 2002 yilda nashr etilgan bo'lib, hamkorlikning ularning ma'lumotlar bazalaridagi barcha ma'lumotlar yozuvlariga bepul, cheklanmagan kirishni ta'minlashga qaratilgan mandatini ta'kidlaydi. Har kuni INSDC hamkorlari nukleotidlar ketma-ketligi va tegishli ma'lumotlarning keng qamrovli to'plamini ushlaydi, saqlaydi, almashadi va almashadi. Sekvensiyalash xarajatlarining pasayishi tufayli INSDC hayratlanarli hajmdagi ma'lumotlarni (2015 yilda 2,400 trillion baza) boshqaradi va rivojlanayotgan yuqori o'tkazuvchanlik texnologiyalari yordamida yaratilgan ma'lumotlar turlarining o'zgaruvchan landshaftini boshqarish uchun yangi xizmatlarni ishlab chiqadi. Genom loyihasi taqdimoti. Keng miqyosdagi ketma- ketlik loyihalari yangi ketma-ketlik ma'lumotlarining asosiy manbasiga aylandi. EBI ushbu ma'lumotlarning ommaviy e'lon qilish uchun DDBJga o'z vaqtida kiritilishini ta'minlash uchun ketma-ketlik markazlari bilan yaqindan hamkorlik qiladi. Yangi ketma-ketlik ma'lumotlari va tavsifiy ma'lumotlarning zudlik bilan kiritilishi va tarqatilishini ta'minlash uchun turli xil xalqaro tartiblash harakatlaridan DDDB ma'lumotlar bazasiga to'g'ridan-to'g'ri ma'lumotlar oqimi 12 mavjud. Evropa va butun dunyo bo'ylab eng samarali sekvensiya markazlaridan biri bo'lgan Sanger markazidagi genom loyihalari bilan genom ma'lumotlarini olish bo'yicha hamkorlik ayniqsa diqqatga sazovordir. Tadqiqot saytlarida ishlab chiqarilgan ma'lumotlar bazasi yozuvlari to'g'ridan-to'g'ri genom loyiha guruhlari tomonidan FTP yoki elektron pochta orqali saqlanadi va yangilanadi. Barcha bosqichlarda EBI biologlari ketma-ketlik guruhlari bilan aloqa o'rnatadilar. Ma'lumotlarni yig'ishning aniq tartibi kiritiladigan ketma-ketlik ma'lumotlari "tugallanmagan" yoki "tugallangan" ketma-ketlik ma'lumotlarini ifodalashiga bog'liq. Yangi loyihalarni osongina joylashtirish mumkin. Genom ketma-ketligi ma'lumotlarini yuborish uchun hisob ochmoqchi bo'lgan guruhlar ma'lumotlar bazasiga datasubs@ebi.ac.uk manzili orqali murojaat qilishlari kerak. Qo'shimcha ma'lumotni http://www3.ebi.ac.uk/Services/GenomeSubm/ saytidan olishingiz mumkin. Mavjud ma'lumotlar bazasi yozuvlarini yangilash. Vaqt o'tishi bilan yaratilganda to'g'ri bo'lgan yozuv eskirib qolishi mumkin: mualliflar ketmaketlikning o'ziga tuzatishlar kiritishlari yoki izoh talab qiladigan yangi xususiyatlarni topishlari mumkin. Bunday topilmalar ko'pincha nashr etilmaganligi sababli, mualliflar o'zlarining yangi topilmalarini ma'lumotlar bazasiga etkazishlari muhimdir.Ma'qul variant -http://www3.ebi.ac.uk/Services/webin/update/update.html manzilidagi World Wide Web yangilash formasi orqaliTaqdimotlar ketma-ketligi. Webin-Align - bu nukleotidlar ketma-ketligini filogenetik va populyatsiya tahlilidan moslashtirish ma'lumotlarini taqdim etish uchun DDBJ interaktiv veb-asoslangan tizimi. Noyob hizalama raqamlari (masalan, DS32096) har bir tekislash taqdimotiga tayinlanadi va ular chop etilgan maqolaga kiritilishi kerak. Hozirda qabul qilingan standart moslashtirish formatlari orasida NEXUS, PHYLIP, CLUSTAL va GCG/MSF yoki SEQUIN/ASN.1 chiqishlari mavjud. Nukleotidlarni moslashtirish ma'lumotlarini EBIning World Wide Web sahifalaridan http://www3.ebi.ac.uk/Services/align/listali.html yoki ftp://ftp.ebi.ac.uk manzilidagi FTP serveridan olish mumkin. /pub/databases/DDBJ/align. Taqdim etish ma’lumotlarini http://www.ebi.ac.uk/DDBJ/Submission/ saytidan olishingiz 13 mumkin. Patent adabiyotidan ketma-ketliklar. Patent ketma-ketligi EPO bilan davom etayotgan hamkorlikda olinmoqda. EPO siyosati patent berilgan yoki berilmaganligidan qat'i nazar, patentga talabnoma berilgan kundan boshlab 18 oy o'tgach, ma'lumotlarni ommaga (va DDBJga) chiqarishdan iborat. EPO tomonidan e'lon qilingandan so'ng, eng so'nggi patent ketma-ketligi ma'lumotlari DDBJma'lumotlar bazasiga integratsiya qilinadi va jamoatchilikka taqdim etiladi. EPO patent adabiyotidan olingan barcha yozuvlar ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/DDBJ/patent/ saytida mavjud. Bundan tashqari, ushbu fayllar NCBI (AQSh) va DDBJ (Yaponiya) tomonidan kiritilgan Amerika va Yaponiya patent adabiyotlari ma'lumotlarini o'z ichiga oladi. Kirish raqamlari va ma'lumotlarning maxfiyligi. Kirish raqamlari ma'lumotlar bazasidagi ketma- ketlikni doimiy ravishda aniqlaydigan noyob identifikatorlardir. Ko'pgina jurnal muharrirlari jurnalni nashr qilishdan oldin ketma-ketlik ma'lumotlarini DDBJ/DDBJ/DDBJga topshirishni talab qiladi. Yangi taqdimnomaga javoban qo'shilish raqamlari taqdim etiladi va ariza olingan kundan boshlab ikki ish kuni ichida mualliflarga etkaziladi. Ushbu qo'shilish raqamlari (masalan , X56734 va AL450380 ) qo'lyozma/nashrga kiritilgan bo'lib, jamiyatga jurnal maqolasini o'qib chiqqandan so'ng ma'lumotlarni olish imkonini beradi.To'g'ridan-to'g'ri alohida tadqiqotchilar tomonidan taqdim etilgan va ilmiy adabiyotlarda muhokama qilingan individual ketma-ketliklarni ehtiyotkorlik bilan davolashning ahamiyati aniq. Bunday ketma-ketliklar ko'pincha xususiyatlar va funktsiyalarni yoritib beruvchi eksperimental tadqiqotlar mavzusi bo'lib kelgan, genom loyihasini taqdim etish ko'p hollarda "faqat" genlarni bashorat qilish dasturlariga asoslangan dastlabki gen izohlarini o'z ichiga oladi. DDBJyozuvlaridagi eng muhim xususiyatlardan biri bu protein kodlash ketma- ketligi (CDS). DDBJ yozuvlaridagi barcha CDS funksiyalari tarjima qilinadi va keyinchalik TrDDBJ va SWISS-PROT proteinlar ketma-ketligi ma lumotlarʼ bazalariga qo shiladi. Bundan tashqari, DDBJ yozuvlaridagi kodlash hududlari ʻ oqsil ma'lumotlar bazalariga o'zaro havola qilinadi (/db_xref kvalifikatsiyasi orqali) va tegishli DDBJ yozuvlari boshqa maxsus ma'lumotlar bazalari (masalan, 14 turlarga xos ma'lumotlar bazalari) bilan bog'langan. Ushbu o'zaro havolalar boshqa maxsus ma'lumotlar bazalarida to'g'riroq saqlanadigan kirishga tegishli qo'shimcha ma'lumotlarga kirish imkonini beradi. Ma'lumotlar bazasining joriy siyosati ketma- ketlik izohi berilmagan yuborishlarni rad etishdan iborat, agar ular EST yoki tugallanmagan HTGlarni tavsiflamasa. Webin ham, Sequin ham ketma-ketlik izohlarini qo'shishga iimko beradi - har qanday miqdordagi tegishli xususiyatlar mos keladigan xususiyatlar shakllari orqali ketma-ketlik xususiyatlari jadvaliga osongina qo'shilishi mumkin. Biologik kuratorlar guruhi yangi taqdim etilgan ma'lumotlarni ko'rib chiqadi va tekshiradi, barcha majburiy ma'lumotlar taqdim etilganligini, biologik xususiyatlarning etarli darajada tavsiflanganligini va har qanday kodlash mintaqalarining kontseptual tarjimalari genetik tarjima qoidalariga rioya qilishini ta'minlaydi. Yuboruvchilarga ketma-ketliklarini izohlashda yordam berish uchun foydalanish qo'llanmalari DDBJ-EBI World Wide Web saytida va Webin ichida mavjud. WebFeat. Xususiyatlar jadvali kaliti va kvalifikatsiya ta'riflarining to'liq ro'yxati, ulardan foydalanishning to'liq tushuntirishlari.Yangi ketma-ketlik ma'lumotlarini taqdim etish va ma'lumotlarni yangilash ommaviy ma'lumotlar bazasiga ilmiy hamjamiyatga nukleotidlar va oqsillar ketmaketligi haqidagi so'nggi ma'lumotlar bo'yicha o'xshashlikni qidirish va tahlil qilish imkonini beruvchi to'liq va dolzarb ma'lumotlar to'plamini yaratish va qo'llabquvvatlashning muhim shartidir. Zamonaviy birlamchi ketma-ketliklarning ushbu keng qamrovli ombori keyingi hisoblash tahlillari va genom tadqiqotlari uuchu zarurdir. Yangi genlarning kashfiyoti, homolog genlarni identifikatsiya qilish,alternativ splaysni tahlil qilish va polimorfizmlarni aniqlash bbiotibbiyot tadqiqotlari kontekstida ma'lumotlar bazasidan foydalanishning faqat bir qismidir va bu faqat keng ko'lamli ketma-ketlik harakatlarining yuqori darajada yotqizishda davom etishi bilan ortadi. -o'tkazuvchanlik ketma-ketligi ma'lumotlari (HTG) va ma'lumotlar bazasiga yanada to'liq genomlar qo'shilmoqda. II bob. Asosiy qism 15 INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) - bu genetik ma'lumotlarni saqlash va ularga xalqaro kirish imkoniyatini ta'minlash uchun yaratilgan xalqaro hamkorlik tizimi. 1980-yilda EMBL ma’lumotlar kutubxonasi tashkil etildi, va Yaponiyaga nukleotid natija ma’lumotlar banki uchun xalqaro hamkorlikni so’radi. 1982-yilda EMBL va GenBank xalqaro hamkorlikni boshladi, va ularning ma’lumotlar banki ishtirok etish uchun Yaponiya taklif. 1983-yilda xalqaro ma’lumotlar banki uchun hissa qo’shish maqsadida nukleotid ma’lumotlarini to’plash, baholash va sinov ma’lumotlarini yuklash boshlandi. 1984-yilda NIG; Genetika Milliy instituti universitetlararo ilmiy-tadqiqot instituti sifatida qayta tashkil etildi. DDBJ NIG da ishlay boshladi. 1986-yilda DNK bazasi maslahat qo’mitasi tashkil. 1987-yilda DDBJ mustaqil bo’ldi. Ushbu bilan biz bu yilni DDBJ operatsiyasining rasmiy boshlanishi deb hisoblaymiz. 1995-yilda DDBJning yanada samarali faoliyat uchun, CIB; axborot Biologiya markazi NIG tashkil etildi. 2001-yilda CIB, CIB-DDBJ sifatida qayta tashkil etildi; Yaponiya axborot Biologiya va DNK ma’lumotlar banki markazi bo’ldi. 2005-yilda DDBJ, EMBL, GenBank o’zaro hamkorlikni kuchaytirish maqsadida kelishib yagona Xalqaro nukleotid ketma-ketlik ma’lumotlar bazasi- INSDC ni tashkil qilishdi. 2009-yilda DDBJ fakulteti xodimlari xizmati bilan DBCLS va DDBJ hamkorlik yanada kuchaygan. DDBJ bazasining molekulalar yuzasidan boshqa ma’lumotlar bazasi bilan a’loqada bo’ladi: 16 1. DNK ma’lumotlar bazasi: DDBJ / EMBL / GenBank MGA 2. Proteinlar bazasi: UniProt PDB DAD Patent U quyidagi xizmatlarni taqdim etadi: II-bob. 1-rasm. DDBJ malumotlar bazasidagi xizmatlar. 1980-yillarning boshidan boshlab DDBJ nukleotidlar ketma-ketligi ma’lumotlar bazalaridan biri sifatida, shu jumladan Evropada EMBL-Bank / EBI va AQShda GenBank / NCBI boshqa ikki a’zosi sifatida faoliyat ko’rsatmoqda. INSD o’zlarining ma’lumotlar bazalarida mavjud bo’lgan barcha yozuvlarga bepul va cheklovsiz kirishning yagona siyosatiga ega. Dunyo miqyosidagi olimlar ushbu yozuvlarga eksperimentlarni rejalashtirish yoki har qanday tahlil yoki tanqidlarni nashr qilish uchun kirishlari mumkin. Ilmiy nashrlarni chop etayotgan ilmiy adabiyotlardan foydalangan holda, ilmiy izlanishlar asl nusxasini keltirish orqali mos keladi. INSD ma’lumotlarga kirishni cheklaydigan, ushbu yozuvlardagi ma’lumotlardan foydalanishni cheklaydigan yoki ushbu yozuvlar asosida nashrlarning ayrim turlarini taqiqlaydigan yozuvlarga bayonnomalarni biriktirmaydi. Xususan, foydalanish bo’yicha cheklovlar yoki litsenziyalash talablari biron-bir ketma-ketlik ma’lumotlari yozuvlariga kiritilmaydi va biron bir tomon tomonidan ma’lumotlar bazasini qayta taqsimlash yoki undan foydalanishda cheklovlar yoki litsenziyalash to’lovlari bo’lmaydi. 17 INSD-ga taqdim etilgan barcha ma’lumotlar bazalari yozuvlari ilmiy yozuvlar tarkibiga kiradigan kirish bo’lib qoladi. Xatolarni tuzatish va mualliflar tomonidan yozuvlarning yangilanishi qabul qilinadi va noto’g’ri yozuvlar bazaning keyingi chiqarilishidan olib tashlanishi mumkin, ammo barchasi kirish raqami orqali doimiy ravishda saqlanib qoladi. Taqdim etuvchilarga INSD tomonidan qo’llab-quvvatlanadigan veb-saytlarda aks ettirilgan ma’lumotlar keng jamoatchilikka oshkor qilinishi tavsiya etiladi. Ma’lumotni topshirish huquqiga ega ekanliklarini aniqlash uchun yuboruvchilar javobgar. II-bob. 2-rasm. 2005 yilda DDBJ, EMBL-Bank va GenBank o’zaro hamkorlikni INSDC deb atashni kelishdilar. 2.1. Yaponiyaning DNK ma’lumotlar banki – DDBJ haqida. 18 DDBJ yoki DNA Data Bank of Japan (Yaponiyaning DNK ma'lumotlar banki) - Yaponiya, Amerika Qo'shma Shtatlari va Yevropa Kengashining birgalikda yaratgan ma'lumotlar bazasi. Ushbu ma'lumotlar bazasi, genetik tadqiqotlar va genetik materiallar ma'lumotlarini saqlaydi va dunyo bo'ylab kutubxonalar bilan hamkorlik qiladi. DDBJ asosan NCBI (National Center for Biotechnology Information) va EMBL (European Molecular Biology Laboratory) bilan birgalikda INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration)ning a'zolari bo'lib, bu uchta markaz o'rtasida ma'lumot almashinuvini ta'minlaydi. DDBJ asosan Japoniya Xalq Respublikasining Wako shahrida joylashgan. EMBL, NCBI va DDBJ jahon ma'lumotlar bazalaridir, lekin ularning faoliyati va tuzilishi bir nechta farq qiladi. EMBL nukleotid ketma-ketligi ma'lumotlar bazasidir va Avropa Molekulyar Biologiya Laboratoriyasi (EMBL) tomonidan boshqariladi. NCBI Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Tibbiyot Kutubxonasi (National Library of Medicine) tomonidan boshqariladi va genetik ma'lumotlar, protein ma'lumotlar va bioloji tahlillar kabi bir nechta ma'lumotlar bazalarini o'z ichiga oladi. DDBJ esa, Yaponiya Molekulyar Biologiya Instituti (National Institute of Genetics) tomonidan boshqariladi va nukleotid ma'lumotlar bazasini o'z ichiga oladi. Bu markazlar o'rtasidagi badiiy farqlardan biri ularning turli xil ijtimoiy va siyosiy tashkilotlar tomonidan boshqarilishi va moliyaviy mablag'lar yuzasidan. EMBL, NCBI va DDBJ, ularda saqlanan nukleotid ketma-ketligi ma'lumotlar bazalari, genomik va proteomik axborotlarni birlashtirish uchun muhim resurslar hisoblanadi. Ularning har biri, o'zining ilgari sohasida yuqori darajada mutaxassis olimlar jamoasini jalb qilgan, yillar davomida yig'ilgan nukleotid va protein ketma- ketligi ma'lumotlaridan tashkil topgan. Ularning turli xususiyatlari va foydalanish shakllari bo'lsa-da, ularning asosiy maqsadi nukleotid va protein ketma-ketligi ma'lumotlarining ishlab chiqarilishi, saqlanishi va taqsimlanishidir. 19 2.1.1-rasm. Yaponiyaning DNK ma’lumotlar banki – DDBJ DDBJ, biologiya, tibbiyot, tarix, ekologiya va boshqa sohalardagi ilmiy tadqiqotlar uchun katta ma'lumotlar bazasini taqdim etadi. Bu ma'lumotlar biotexnologiya, bioinformatika va genetikada foydalaniladi. DDBJ, genom ma'lumotlarini biriktirish, yaratish, saqlash va ulardan foydalanishda katta ahamiyatga ega. Ma'lumotlar nukleotid ketma-ketligi formatida saqlanadi va ularga ochiq foydalanish imkoniyati mavjud. Bu yuzdan DDBJ, genomik tadqiqotlarda katta qo'llanma sifatida foydalaniladi. DDBJ, genetik ma'lumotlar bazasining yagona qismi emas, balki INSDC tizimi ichidagi 3 ta markaziy ma'lumotlar bazasidan biridir. DDBJ, genom va trankriptom sekanslarini jamlash uchun genetik so'rovnoma, ekspresiya, markaziy qisqa turar joylarda joylashgan gen, o'zaro aloqadorlik va boshqa genetik malumotlarni qamrab oladi. DDBJ saytidagi SAKURA DNK ma'lumotlarini saqlash uchun ochilgan bir tizimdir. Bu tizim orqali foydalanuvchilar yuklab olish, DNK ketma-ketliklarini jalb qilish va tahlil qilish imkoniyatiga egalar. SAKURA platformasi, yuqorida aytilgan ma'lumotlarni egallaydi va japon tilida "sakura" nomi, yani "chalg'i" yoki "o'lkash" ma'nolari bilan atalgan. Tizim odatda genomik va transkriptomik sohalarida ishlatiladi va Japoniya genetikasining yanada rivojlanishiga imkon 20 beradi. SAKURA platformasi, Yaponiya DNK ma'lumotlar banki (DDBJ) tomonidan ishlab chiqilgan onlayn ma'lumotlar tizimi hisoblanadi. Bu tizim orqali, istalgan shaxs DNK ketma-ketligi bo'yicha ma'lumotlar bazasiga kiritilgan nukleotid ketma-ketliklarini izlash, tahrirlash va yuklash imkoniyatiga egadir. Bu, genetik ilovalar va laboratoriyalar uchun muhim bir vosita hisoblanadi. SAKURA tizimi, ayni paytda bir nechta foydalanuvchilar tomonidan ishlatilishi mumkin va foydalanuvchilar o'z ma'lumotlarini himoya qilish uchun belgilangan parol bilan kirishlari kerak. 2.1.2-rasm. Yaponiyaning DNK ma’lumotlar bankidagi SAKURA - nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlarini yuborish tizimi DDBJ-ni boshqa ma'lumotlar bazalari bilan taqqoslash orqali, genetik tadqiqotchilar, daktarlar va ilg'or soha mutaxassislari DNK, RNA va protein sekanslari tahlil qilish, yagona nukleotid o'zgarishlarini aniqlash, genetik variantlarni izlash va ko'chirish, yoki genomik tadqiqotlar olib borish, tibbiy tadqiqotlar va boshqa ilg'or ishlar bilan shug'ullanadilar. DDBJ saytidagi MSS (Mass Submission System) - bu shaxsiy DNK va proteinlarning sekvensiyalarini yuklash uchun xizmat ko'rsatuvchi tizimdir. Bu tizim orqali, bir nechta foydalanuvchilar bir qator sekvensiyalarni to'plu ravishda 21 DDBJ ma'lumotlar bazasiga yuklay oladilar. Bu tizim foydalanuvchilarga yorliq bilan yordam beradi va avtomatik tekshiruvlar, sekvensiya metadata tahrirlash imkoniyatlarini, Qo'shimcha fayllarni biriktirish va boshqa xizmatlarni taqdim etadi. MSS yordamida yuklangan sekvensiyalar DDBJda joriy etiladi va dunyodagi barcha boshqa asosiy ma'lumotlar bazalariga o'tkaziladi. 2.1.3-rasm. Yaponiyaning DNK ma’lumotlar bankidagi Ommaviy yuborish tizimi (MSS) DDBJ, genetik tadqiqotchilar, universitetlar va korporativ mijozlar uchun barcha ma'lumotlar va qo'llanmalarga bepul kirish imkoniyatini taqdim etadi. Ushbu ma'lumotlar genetik tadqiqotlar va ilg'or sohalar bo'yicha ilgari nazorat va o'rganish uchun juda qulaydir. Yaponiyaning DNK ma'lumotlar banki (DDBJ) nukleotid ketma-ketligi bo'yicha xalqaro ma'lumotlar bazasi sifatida ishlaydi. Bu ma'lumotlar bazasi, genomik, transcriptomic, proteomic va metagenomik ma'lumotlarni o'z ichiga oladi. DDBJ, hukumat, universitet va yuqori ta'lim muassasalari tomonidan o'zlashtirilgan DNK va RNA ketma-ketligi bo'yicha ma'lumotlarni saqlaydi. Bu markaz yillar davomida jamiyat yuzlab olimlar tomonidan to'liq yuritilgan o'zlashtirish tizimlari bilan birgalikda ishlaydi. Bunday jamlanmalar taxminan 100 milyon nukleotidni tashkil qiladi. 22 DDBJ, genomik ma'lumotlarni xalqaro darajada tarqatishni ta'minlash, xalqaro genomics loyihalariga ishtirok etish va dunyoda xalqaro genomics ma'lumotlar bazalarining rivojlanishiga qatnashish kabi muhim vazifalarni bajaradi. DDBJ hozirgi kunda NCBI (AQSH) va EMBL (Germaniya) bilan birgalikda International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)ni tashkil qilgan, va ularga genomik ma'lumotlarni kiritish, saqlash va tarqatishni amalga oshirishdagi kafolatlarni yuritadi. Cheklangan tahririyat nazorati va ba’zi ichki yaxlitlik tekshiruvlaridan tashqari (masalan, INSD formatlaridan to’g’ri foydalanish va CDS yozuvlarida ko’rsatilgan kodlash hududlarining tarjimasi tekshirilgan), yozuvning sifati va aniqligi ma’lumotlar bazasi emas, balki taqdim etuvchi muallifning zimmasidadir. Ma’lumotlar bazalari iloji boricha sifatli manbaga erishish uchun ma’lumotlar bazasi taqdim etuvchilari va foydalanuvchilari bilan ishlaydi. DDBJ markazi rasman tadqiqotchilar nukleotid ketliklar to’plash va ma’lumotlar jamlash halqaro uchun tasdiqlangan. DDBJ markazi har kuni ENA/EBI va NCBI bilan chiqarilgan ma’lumotlarni almashtirganligi sababli, uchta ma’lumot markazi har qanday vaqtda deyarli bir xil ma’lumotlarni almashadi. Deyarli yagona ma’lumotlar bazasi INSD deb ataladi. DDBJ asosan yapon tadqiqotchilari tomonidan natija ma’lumotlarni to’playdi, Yapon tadqiqotchilarining INSD ma’lumotlarining 99% DDBJ orqali taqdim etiladi. INSD Yaponiya, Koreya, Evropa va AQShda Patent idoralari tomonidan to’plangan patent (mualliflik ixtirolar) ilovalar bilan bog’liq nukleotid natija ma’lumotlarni o’z ichiga oladi. DDBJ markazi, shuningdek, Yaponiya va Koreyada patent idoralari tomonidan to’plangan patent ilovalar bilan bog’liq aminokislotalar natija ma’lumotlarni beradi. 23 2.2. Nukleotidlar ketma-ketligi ma’lumotlar bazasi – EMBL haqida. EMBL -1974 yilda tashkil topgan, hayot haqidagi fanlar bo’yicha Yevropaning yetakchi laboratoriyalari-molekulyar biologiya spetrlarini qamrab oluvchi 80 dan ortiq mustaqil tadqiqot guruhlari bo’lgan hukumatlararo tashkilot. EMBL-tadqiqot markazi va ma’lumotlar bazasi oltita saytlar hamjihatligida ishlaydi: Heidelberg, Barselona, Gamburg, Grenobl, Rim va EMBL-EBI Xinxton. 2.2.1-rasm. EMBL nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi. Yevropa molekulyar biologiya laboratoriyasi (EMBL) dunyodagi yetakchi ilmiy-tadqiqot institutlari va Yevropaning hayot haqidagi ilm-fan laboratoriyalari jamlanmalaridan biridir. EMBL Yevropa bo’ylab oltita markaz va uning saytlardan foydalanib ishlaydi: 1. Heidelberg, Germaniya* - asosiy laboratoriya; 2. Xinxton, Buyuk Britaniya* - Yevropa bioinformatika instituti (EMBL-EBI); 3. Grenobl, Fransiya* - tarkibiy biologiya bo’yicha tadqiqotlar va xizmatlar; 4. Gamburg, Germaniya* - tarkibiy biologiya bo’yicha tadqiqotlar va xizmatlar; 5. Rim, Italiya* - epigenetika va neyrobiologiya; 6. Barselona, Ispaniya* - to’qima biologiyasi va kasalliklarni modellashtirish. 24 EMBL boshqaruvi. EMBL - hayotiy fanlar bo’yicha fundamental tadqiqotlar bo’yicha ixtisoslashgan hukumatlararo tashkilot bo’lib, 20 dan ortiq a’zo davlatlarning, shu jumladan, Yevropa va Isroilning, shuningdek, ikkita assotsiatsiyalashgan a’zo bo’lgan Argentina va Avstraliyaning jamoat tadqiqot markazlari tomonidan moliyalashtiriladi . EMBLni Bosh direktor, hozirda EMBL Kengashi tomonidan boshqaruvchi organ tomonidan tayinlangan professor Edit Xard boshqaradi. Kengash tarkibiga barcha a’zo va unga a’zo bo’lgan davlatlar vakillari kiradi. EMBL missiyasining asosiy fuksiyalari quyidagilardan iborat: 1. Molekulyar biologiyada asosiy tadqiqotlarni o’tkazish; 2. O’rgatish , barcha darajadagi olimlar, talabalar va mehmonlarga; 3. A’zo davlatlar olimlariga hayotiy xizmatlarni taklif qilish; 4. Yangi vositalar va usullarni ishlab chiqish; 5. Texnologiyalar transferida faol ishtirok etish; 6. Yevropa hayoti ilmiy tadqiqotlarini birlashtirish. EMBL-dagi mavjud tadqiqotlar. EMBL-da olib borilgan tadqiqotlar biologik tashkilotning ko’p darajalarida, molekuladan organizmgacha, shuningdek, hisoblash biologiyasi, bioinformatika va tizimlar biologiyasida eksperimental tahlilga urg’u beradi. Tadqiqotlar molekulyar biologiya spektrini qamrab oluvchi 80 dan ortiq mustaqil guruhlar tomonidan olib borilmoqda. EMBL xalqaro, innovatsion va fanlararo. Uning ko’pgina mamlakatlardan kelgan 1700 dan ortiq xodimlari bioinformatika, genomika, biologiya, fizika, kimyo va informatika fanlarini o’z ichiga oladi . Ilmiy xizmatlar haqida. EMBL tomonidan taqdim etiladigan xizmatlar quyidagilardan iborat: Biomolekulyar ma’lumotlar bazalari va bioinformatika vositalari, xususan EMBL-EBI; 25 Gamburg va Grenoblda struktura biologiyasi uchun asbobsozlik va yuqori o’tkazuvchanlik texnologiyalari bilan ta’minlash; O’rnatish yoki saqlash uchun qimmatga tushadigan yoki katta xarajatlarni talab qiladigan usullar va texnologiyalardan tejamkor va samarali usullardan foydalanishni ta’minlash. EMBL-EBI Foydalanish shartlari: EMBL-EBI o'z vakolati bilan ochiq ilm-fanni targ'ib qiladi, bu hayotiy ilmiy tajribalardan olinadigan eng keng jamoatchilikka taqdim etiladigan ma'lumotlar bilan bog'liq bo'lgan bepul onlayn xizmatlar, ma'lumotlar bazasi va dasturiy ta'minotni taqdim etadi. Boshqalar tomonidan yaratilgan ilmiy ma'lumotlarni taqdim etganimizda, biz taqdim etgan ma'lumotlardan foydalanish egalari taqdim etgan ma'lumotlarga qaraganda qo'shimcha cheklovlar qo'ymaymiz. EMBL-EBI ilg'or ilmiy amaliyotga muvofiq har qanday onlayn xizmatlar, ma'lumotlar bazalari yoki dasturiy ta'minotga (masalan, nashrlar, xizmatlar yoki mahsulotlarda) bog'liqlikni kutadi. Kutilayotgan atribut tegishli veb-sahifada ko'rsatiladi. EMBL-EBI-ga uning onlayn-xizmatlarida taqdim etilgan har qanday aloqa maxfiy emas, deb hisoblanadi, agar geribildirim taqdim etgan shaxs yoki tashkilot boshqacha holatga o'tmasa. EMBL-EBI siz yoki siz orqali da'vo qilayotgan uchinchi shaxslar oldida yo'qotishlar yoki yo'qotishlar uchun javobgar bo'lmaydi. Barcha ilmiy ma'lumotlar vaqt va bo'shatish mexanizmi tomonidan ma'lumotlar turiga mos ravishda taqdim etiladi (masalan, kirish ma'lumotlari kirish qo'mitasi tomonidan ko'rib chiqilishi kerak bo'lgan odamlarning ma'lumotlari, ma'lum vaqtgacha nashr etishdan oldin taqiqlangan). EMBL-EBI tomonidan saqlanadigan shaxsiy ma'lumotlar qonun yoki sud yoki tartibga soluvchi buyruq talab qilgan hollardagina alohida holatlarda 26 chiqariladi. EMBL-EBI ma'lum bir dasturiy ta'minotdan foydalanishning umumiy hajmi yoki dasturiy ta'minot yoki ma'lumotlar bazalarini har qanday shaxsning foydalanishiga oid tafsilotlarsiz ta'minlaydigan jamoat tashkilotlari va tashkilotlarga taqdim qilishi mumkin. Biz OpenScience-dagi majburiyatimizni saqlab qolsak ham, ushbu Foydalanish shartlarini istalgan vaqtda yangilash huquqini saqlab qolamiz. O'zgarishlar muqarrar bo'lgan taqdirda, biz veb-saytimizga xabar yuborish orqali har qanday o'zgarishlar to'g'risida oqilona xabar berishga harakat qilamiz, ammo siz har safar ushbu veb-saytdan foydalanganda tekshirib ko'rishingiz mumkin. Eng yangi qayta ko'rib chiqish sanasi bu erda, 'EMBL-EBI Foydalanish shartlari' sahifasida ko'rinadi. Agar siz ushbu o'zgarishlarga rozi bo'lmasangiz, iltimos, bizning onlayn xizmatlardan foydalanishni davom ettirmang. Biz taqqoslash uchun oldingi foydalanish shartlarining arxivlangan nusxasini taqdim etamiz. Ushbu foydalanish shartlariga tegishli har qanday savol yoki izohga quyidagi manzilga murojaat qilish mumkin: Administrator, EMBL-EBI, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton CB10 1SD Onlayn xizmatlar: EMBL-EBI onlayn xizmatlaridan foydalanuvchilar EMBL-EBI kompyuterlari, fayllari yoki tarmoqlaridan tashqari xizmat ko'rsatish interfeyslaridan foydalanishga urinmaslikka kelishib olishdi. EMBL-EBI ushbu onlayn xizmatlarning uzluksizligini ta'minlash uchun barcha imkoniyatlarni ishga soladi va har qanday o'zgarishlar yoki uzilishlar to'g'risida tegishli ogohlantirishni ta'minlaydi. Shu bilan birga, EMBL-EBI xizmat vaqtincha yoki doimiy to'xtab qolishining oqibatlari uchun javobgarlikni o'z zimmasiga olmaydi. EMBL-EBI onlayn xizmatlaridan boshqalarga xizmat ko'rsatadigan EMBL- EBIni oldini oladigan yoki oldini oladigan darajada foydalanishga bo'lgan har qanday urinish foydalanishni bloklashga olib keladi. EMBL-EBI foydalanuvchini 27 ularning ehtiyojlarini va qanday qilib ularni boshqa manbalardan olish mumkinligini muhokama qilish uchun murojaat qiladi. EMBL-EBI veb-sahifalarida ishlaydigan dastur har qanday shaxs tomonidan veb-sahifada alohida istisnolar ko'rsatilmagan hollardagina istalgan maqsadlarda foydalanilishi mumkin. EMBL-EBI-ning veb-sahifalari orqali (to'g'ridan-to'g'ri yoki uchinchi tomon omborxonalari orqali) yuklab olish uchun taqdim etilgan har qanday dasturning shaxsiy litsenziya shartnomasi bo'ladi. EMBL-EBIda to'plangan ma'lumotlarning toifalari va ularni qayta ishlash usullarini hisobga olgan holda, zarur deb hisoblagan xavfsizlik darajasini ta'minlash uchun tegishli texnik va tashkiliy choralarni amalga oshirdi. EMBL-EBI uchinchi shaxslar tomonidan EMBL-EBI saytining maxfiyligini buzish oqibatlari uchun javobgarlikni o'z zimmasiga olmaydi. Ma'lumot xizmatlari: Onlayn ma'lumotlar xizmati va EMBL-EBI ma'lumotlar bazalari jamiyat tomonidan kiritilgan ma'lumotlardan qisman ma'lumotlar egalari bo'lib qolmoqda. EMBL-EBI o'zi, Internet-xizmatlari orqali mavjud bo'lgan ma'lumotlardan foydalanish yoki tarqatish uchun hech qanday qo'shimcha cheklovlar qo'ymaydi. EMBL-EBI taqdim etilgan ma'lumotlarning aniqligi, yaratilgan ma'lumotlar bazasi, dasturiy ta'minot yoki Internet-xizmatlarning aniqligi, shuningdek ma'lumotlar bazalari, dasturiy ta'minotlar va har qanday maqsadlar uchun onlayn xizmatlarning yaroqliligini kafolatlamaydi. Dastlabki ma'lumotlar uchinchi shaxslar tomonidan talab qilinadigan huquqlarga, shu jumladan patent, mualliflik huquqi, boshqa intellektual mulk huquqlari, biologik xilma-xillik bilan bog'liq foydalanish va imtiyozlarni baham ko'rish huquqlariga ega bo'lishi mumkin. EGA ma'lumotlar bazasi va biotibbiy tadqiqotlar uchun ruxsat berilgan inson ma'lumotlari uchun ushbu huquqlar Ma'lumotlarga kirish to'g'risidagi bitimlarda rasmiylashtirilishi mumkin. 28 2.3. Milliy biotexnologiya axborot markazi – NCBI haqida . INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) nukleotidlarning ketma-ketligi bo’yicha xalqaro ma'lumotlar bazalarining biri bo'lib, bunga EMBL-EBI (European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute), DDBJ (DNA Data Bank of Japan) va NCBI (National Center for Biotechnology Information) kiradi. NCBI, Amerika Qo'shma Shtatlari Sog'liqni saqlash va Qo'shma Shtatlari Milliy Tibbiyot Kutubxonasi (National Library of Medicine) tomonidan tashkil etilgan, biotexnologiya sohasida ma'lumotlar bazalashish va ularni tarqatish uchun xizmat ko'rsatuvchi sayt hisoblanadi. NCBI sayti nukleotid sekvenslari, proteinlarning sekvenslari, genlar, genomlar va biotexnologik ko'plab ma'lumotlar bo'yicha xizmatlar ko'rsatadi. Sayt, hozirgi kunda biotexnologiya sohasidagi eng katta ma'lumotlar bazalaridan biri hisoblanadi. NCBI (National Center for Biotechnology Information) Amerika Qo'shma Shtatlarining Milliy Sihhiy Texnologiyalari Instituti (National Institutes of Health) tomonidan 1988 yilda tashkil etilgan. Bu markaz biotexnologiyaviy tadqiqotlar, genetik, genomiya va molekulyar biologiyadagi ma'lumotlar bazalarini boshqarish, saqlash va o'zaro bog'liq ma'lumot almashinuvi xizmatlarini taqdim etish maqsadida yaratilgan. NCBI dunyodagi eng katta meditsina tajribasi va biotexnologiya ma'lumotlar bazasiga ega. Bugungi kunda, NCBI genomiya va proteomika, klinik va epidemiologik ma'lumotlar, biotexnologiyaviy fanlar, tibbiyot, o'z-o'rtacha shifokorlik, farmakologiya va boshqa sohalardagi ma'lumotlar bazalarini boshqaradi. NCBI, genetika, genomika, proteomika, biokimyo, epidemiologiya va tibbiyot kabi ko'plab sohalarda foydalaniladigan turli xil ma'lumotlar bazalarini va algoritmlarni yaratish va saqlashga oid xizmatlar ko'rsatadi. NCBI sayti orqali, qidiruv, turli xil bilim tuzatishlariga yoki axborotlariga murojaat qilish, GenBank kabi keng ko'lamdagi genom ma'lumotlari olish va ularni 29 tahlil qilish, BLAST kabi xizmatlar orqali genomlar, proteomlar va qismlarini qarshilik (homologiya) tahlilini bajarish, pubmed kabi kutubxonalar orqali ilmiy maqolalar, tadbirlar, va shu jumladan, genetika va tibbiyot sohasida ijtimoiy ma'lumotlar topish mumkin. 2.3.1-rasm. NCBI – Milliy Biotexnologiya axborot markazi. EMBL, DDBJ va NCBI bir xil maqsadda yaratilganlar - nukleotid ketma- ketligi bo'yicha global ma'lumotlar bazalarini yaratish. Bularning har biri genetik ma'lumotlarning tesviy va jalb qilinishini amalga oshiradilar. Farqlari esa ularga xizmat ko'rsatadigan mamlakatlar, boshqa ichki qarashlar va shartnoma shartlari bo'lishi mumkin. Boshqa bir yuzi bilan, ularning har birida o'ziga xos ma'lumotlar bazasi va ishlab chiqaruvchilar bilan hamkorlik qilish jarayoni mavjud. NCBI (National Center for Biotechnology Information) ma’lumotlarni saqlash, tahlil qilish va ularga onlayn kirish imkonini berish uchun yaratilgan ilmiy platformadir. Bu platforma DNA, protein va qo'shimcha biologik ma'lumotlar kabi ilmiy ma'lumotlar yig'inishi uchun xizmat qiladi. NCBI platformasida foydalanuvchilar bioinformatik ko'rsatkichlari, qo'llanmalar, o'quv resurslari, dasturlar va nusxalashlar yoki yuklanishlar uchun 30 tahrirlash imkoniyatlari kabi bir nechta qulayliklardan foydalanishlari mumkin. NCBI, genomika, proteomika, metabolomika, taxonomiya, genetika va boshqa bir qancha biologiya fanlari bo'yicha ilmiy tadqiqotlar olib boradi. NCBI asosan aksariyati onlayn yordam bilan foydalaniladi va foydalanuvchilar, qidiruvlar, ma'lumotlarni ko'rish, ma'lumotlarni izoh qilish, tahrir qilish va boshqa amallar uchun da internetga ulanishlari zarur bo'ladi. NCBI, foydalanuvchilarga faqatgina ilmiy ma'lumotlarni yig'ishga yordam berishda emas, balki ma'lumotlarni o'rganish va ularga murojaat qilish yoki ularni izohlash uchun ham yordam beradi. NCBI platformasidan foydalanish uchun bir nechta usullar mavjud: 1. Veb-sayt orqali: NCBI saytida qidiruv amalga oshirish, turli turdagi ma'lumotlarga kirish, bir nechta onlayn alatlar bilan ishlash va saytdagi turli turdagi resurslarga erishish mumkin. 2. API orqali: Programmatik interfeys yordamida, NCBI'nin boshqa yordamchi xizmatlari yoki tizimlari bilan integratsiya qilish mumkin. Bu yordam, mahalliy dasturlar yaratishga, bilimlararo qo'llanmalar yaratishga va muhim ma'lumotlarni olishga imkon beradi. 3. NCBI Gorsellemesi (NCBI BLAST): Bu, biologik jadvallar va sekvensiya ma'lumotlarini o'rganishga yordam beruvchi onlayn alatdir. Gorsellemeni yordamida, sekvensiya ma'lumotlari boshqa ma'lumotlar bazalarida bo'lmaganlarini topish mumkin. Bunday usullar orqali, ma'lumotlar bazasidan genetik, molekulyar biologiya, jurnalistika, o'quv, tajriba va boshqa sohalarda foydalanish mumkin. National Center for Biotechnology Information (NCBI) bir qancha muhim funksiyalarni o'z ichiga olgan yirik onlayn ma'lumotlar bazasi hisoblanadi. NCBI foydalanuvchilari quyidagi ishlarni amalga oshirishlari mumkin: 1. Genomlar va nukleotid poslari bo'yicha axborot qidirish: NCBI genomlar, nukleotid poslari va protein poslarining katta ma'lumotlar bazalarini saqlaydi. 31 Foydalanuvchilar bu ma'lumotlar bazalarida qidirish qilish orqali xilma-xil nukleotid va proteinlarni topishlari mumkin. 2. Proteinlar va proteomik bo'yicha axborot qidirish: NCBI foydalanuvchilari proteomik bo'yicha keng ko'lamli ma'lumotlar bazalariga, shuningdek, proteinlar va proteinlarning tarkibi bo'yicha ma'lumotlarga kirishlari mumkin. 3. Pubmed orqali biomeditsina axborot qidirish: NCBI Pubmed, biomeditsina va boshqa ko'plab fanlarda ilmiy nashrlarning keng makalalarini saqlaydigan onlayn kutubxonani taqdim etadi. Foydalanuvchilar kutubxona orqali ilmiy nashrlar, shuningdek, klinik tahlil va tibbiy tadqiqotlar bilan bog'liq maqolalarni qidirishlari mumkin. 4. Homologlar qidirish: NCBI foydalanuvchilari homologlar qidirishni amalga oshirishlari mumkin. Bu homologlar, bir xil funksiyaga ega bo'lgan proteinlar yoki nukleotidlardir. 5. BLAST-analiz: NCBI foydalanuvchilari proteinlarni qidirish, tahlil qilish va homologlarini aniqlash uchun BLAST-algoritmini ishlatishlari mumkin. 6. Genomik tahlil va bakteriologiya: NCBI foydalanuvchilari genomik tahlil va bakteriologiya bo'yicha ma'lumotlar bazalariga kirishlari mumkin. Sifat va fazilatli klinik tadqiqotlar qidirish: NCBI foydalanuvchilari klinik tadqiqotlar, klinik oqibatlarni taqdim etuvchi ma'lumotlar bazalariga kirishlari mumkin. National Center for Biotechnology Information (NCBI) internet sayti ichida bir nechta xizmatlar mavjud, mazkur xizmatlar orasida: 1. GenBank - jahon bo'ylab DNA va RNA ketma-ketligini saqlaydigan elektron ma'lumotlar bazasi; 2. PubMed - biomeditsina va biologiyaga oid maqolalar to'plami; 3. BLAST - nukleotid va protein ketma-ketligi o'rtasida gomologiyalarni qidiruvchi xizmat; 4. Gene - genlar to'g'risida ma'lumotlar to'plami; 5. ClinVar - genetik variantlarga oid ma'lumotlar to'plami; 32 6. dbSNP - genetik variantlar bazasi; 7. PubChem - kimyoviy moddalar bazasi. Bu xizmatlar foydalanuvchilar uchun bepul va ochiq. Foydalanuvchilar saytda kerakli ma'lumotlarni qidirish uchun izlash oynasidan foydalanishlari mumkin yoki belgilangan axborotlarni yuklab olishlari mumkin. NCBI asosan biologiya va biomeditsin sohasidagi tadqiqotchilar va fan o'quvchilari tomonidan foydalaniladi. 2.3.2-rasm. BLAST - nukleotid va protein ketma-ketligi o'rtasida gomologiyalarni qidiruvchi xizmati BLAST - biologik ketma-ketliklar orasidagi o'xshashlik mintaqalarini topadi. Dastur nukleotid yoki oqsillar ketma-ketligini ma'lumotlar bazalari bilan taqqoslaydi va statistik ahamiyatini hisoblab chiqadi. NCBI nukleotid sintezi, genelarning DNK ketma-ketligi, oqsil ketma-ketligi, oqsil tuzilishi va funktsiyasi, biologik patogenlar, saraton, genetik kasalliklar va boshqa ko'plab biologik mavzular haqida ma'lumotlarni o'z ichiga oladi. NCBIDA ma'lumotlar bazalariga Yuklangan minglab genom ketma-ketligi, mRNK ketma- 33 ketligi va oqsillar ketma-ketligi kabi yuz millionlab nukleotidlar ketma-ketligi mavjud. Ushbu nukleotidlar ketma-ketligi genlarni va boshqa DNK elementlarini aniqlash va tekshirishda yordam beradi. NCBI tadqiqotchilarga ushbu ma'lumotlarga kirish va ularni turli vositalar yordamida tahlil qilish imkonini beradi. Bularga BLAST (asosiy mahalliy hizalama qidirish vositasi), bir nechta ketma-ketlikni tekislash vositasi (bir nechta ketma-ketlikni tekislash vositasi), Primer-BLAST (asosiy dizayn vositasi) va boshqa ko'plab vositalar kiradi. Shifrni ochish vositasi (shifrni ochish vositasi). Ushbu vositalar tadqiqotchilarga ma'lumotlarni tahlil qilishga va yangi kashfiyotlar qilishga yordam beradi. 2.3.3-rasm. BLAST turlari. Mahalliy va API BLAST BLAST (asosiy mahalliy hizalama qidirish vositasi), bir nechta ketma-ketlikni tekislash vositasi (bir nechta ketma-ketlikni tekislash vositasi), Primer-BLAST (asosiy dizayn vositasi) va boshqa ko'plab vositalar kiradi. Shifrni ochish vositasi (shifrni ochish vositasi). Ushbu vositalar tadqiqotchilarga ma'lumotlarni tahlil qilishga va yangi kashfiyotlar qilishga yordam beradi. 34 Xulosa. INSDC – nukleotidlarning ketma-ketligi bo’yicha xalqaro ma’lumotlar bazasi. mavzusi bo'yicha xulosa qilindi. INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) - bu EMBL, DDBJ va NCBI platformalari orasidagi isbirlikdagi ma'lumotlar bazalarining umumiy nomi. Bu, DNK, RNS va proteinlarning jadvaldagi ketma-ketligi (sequences) va ularning ilova qilinadigan gen, protein va molekulyar markaziy ma'lumotlarini (annotations) tashkil qiladi. INSDC platformalari, genetik tadqiqotlar, genomik, biotexnologiya, epidemiologiya va tibbiyotdagi keng qo'llanmalarga ega bo'lib, bu sohada yuzlab olimlar va ilg'orlar tomonidan foydalaniladi. INSDC, ko'pgina genomik proyektlarning natijalari, shuningdek, o'zaro aloqalar, qarindosh organizmlarning genomik tadqiqotlarining to'plamlari va boshqa ko'pgina ma'lumotlar bazalaridan tashkil topgan ma'lumotlar bilan to'ldirilgan. Xalqaro Nukleotidlar Ketma-Ketligi Ma'lumotlar Bazasi (INSDC) dunyoda kuchli genetik ma'lumotlar bazalari uchun asosiy manba sifatida xizmat qiladi. Bu, ma'lumotlarni konsolidatsiya qilish va dunyo bo'ylab almashinuvni ta'minlash maqsadida birgalikda yaratilgan EMBL, DDBJ va NCBI platformalari tarkibiga kiradi. INSDC ning afzalliklari quyidagilardir: Genomik ma'lumotlar to'plami: INSDC ma'lumotlar bazasida, genetik so'zlashmalar, genomlar, genetik modellar va boshqalar kabi genomik ma'lumotlar bor. Dunyo bo'ylab integratsiya: INSDC, dunyo bo'ylab almashinuvni ta'minlash va genetik ma'lumotlar almashinuvini yaxshilash maqsadida konsolidatsiya qilgan ma'lumotlar bazalari uchun asosiy manba sifatida xizmat qiladi. Qulaylik: INSDC, genetik ma'lumotlarni osonlik bilan qidirish va topish imkoniyatini taqdim etadi. Ochiq xavfsizlik: INSDC, dunyo bo'ylab genetik ma'lumotlar almashinuvini ta'minlash uchun ochiq xavfsizlikni ta'minlaydi. Keng qamrovli ma'lumotlar: INSDC, genomik ma'lumotlar kabi keng qamrovli ma'lumotlar bilan ishlaydi. 35 INSDC, genomik va genetik ma'lumotlarni integratsiya qilish, ularga oson foydalanish imkonini taqdim etish, xavfsizligini ta'minlash va dunyo bo'ylab almashinuvni yaxshilash maqsadida konsolidatsiya qilgan ma'lumotlar bazalarini birlashtirish orqali genomik so'zlashmalar, genomlar, genetik modellar va boshqa keng qamrovli ma'lumotlar jamlanmasini taqdim etadi. Bu, genetik fanlar, so'zlashmalarga asoslangan tadqiqotlar va genetik ilovalar kabi sohalarda yuqori darajada foydalaniladi. DDBJ: Yaponiya DNK ma'lumotlar banki (DNA Data Bank of Japan) DDBJ, genom ma'lumotlarining yig'ilish va tarqatilish joyi sifatida ishlaydi. DDBJ, 1984 yilda NCBI va EMBL bilan hamkorlikda yaratilgan. DDBJ platformasi asosan genom, transkriptom va proteom ma'lumotlari uchun yaratilgan, shuningdek, bu ma'lumotlar o'zini aniqlash uchun ham foydalaniladi. EMBL: Evropaning molekulyar biologiya ma'lumotlar banki (European Molecular Biology Laboratory) EMBL, genom, transkriptom va proteom ma'lumotlarining yig'ilish va tarqatilish joyi sifatida xizmat qiladi. EMBL, 1974 yilda yaratilgan va avvalgi nomi "Eukaryotic Molecular Biology Laboratory" edi. EMBL, DNK sekvensi yozish, ma'lumotlar yig'ilish va tarqatish, xronologiya, struktura, evolutsiya va funksiya bo'yicha ma'lumotlar taqdim etadi. NCBI: Milliy Biotechnologiya Ma'lumotlari Markazi (National Center for Biotechnology Information) NCBI, genom, transkriptom va proteom ma'lumotlarining yig'ilish, saqlash, tahlil qilish va tarqatish joyi sifatida ishlaydi. NCBI, Amerika Qo'shma Shtatlarining Bethesda shahrida joylashgan va 1988 yilda yaratilgan. NCBI ma'lumotlari genetika, molekulyar biologiya, tibbiyot, o'qitish, o'z-o'zini ta'lim, biotexnologiya va boshqa sohalarda foydalaniladi. Bu platformalaridan foydalanish bizga biologiya, genetika, meditsina va boshqa ko'plab sohalarda genetik ma'lumotlar, genomik va proteomik ma'lumotlar, epidemiologiya va genetik analizlar kabi turli xil ma'lumotlar taqdim etishi mumkin. 36 Foydalanilgan adabiyotlar ro’yxati: 1. Haydarali Ro’zimboyev, Nafisa Komilova, Radjabova Gulbaxor. “Bioinformatika” Bakalavriat talabalari uchun o‘quv qo‘llanma. Toshkent 2021. 2. .Hesper B, Hogeweg P (2021). "Bio-informatics: a working concept. A translation of "Bio-informatica: een werkconcept" by B. Hesper and P. Hogeweg". arXiv:2111.11832v1 [q-bio.OT]. 3. Hesper B, Hogeweg P (1970). "Bio-informatica: een werkconcept". 4. Hogeweg P (March 2011). Searls DB (ed.). "The roots of bioinformatics in theoretical biology". PLOS Computational Biology. 7 (3): e1002021. Bibcode:2011PLSCB...7E2021H 5. Lesk AM (26 July 2013). "Bioinformatics". Encyclopaedia Britannica. 6. Kameleon. 1 (6): 28–29. 7. Wong KC (2016). Computational Biology and Bioinformatics: Gene Regulation. CRC Press/Taylor &Francis Group. ISBN 9781498724975. Internet ma’lumotlari. 1. https://chat.openai.com/ 2. www.Ziyonet.uz 3. www.Pedagog.uz 4. www.Arxiv.uz 5. www.Kitob.uz 6. www.Aim.uz . 37 Mundarija: Kirish........................................................................................................................3 I bob. Adabiyotlar taxlili..........................................................................................8 II bob. Asosiy qism.................................................................................................18 2.1. Yaponiyaning DNK ma’lumotlar banki – DDBJ haqida.................................21 2.2. Nukleotidlar ketma-ketligi ma’lumotlar bazasi – EMBL haqida....................26 2.3. Milliy biotexnologiya axborot markazi – NCBI haqida ..………………. .....32 Xulosa......................................................................................................................39 Foydalanilgan adabiyotlar......................................................................................41 38

INSDC – nukleotidlarning ketma-ketligi bo’yicha xalqaro ma’lumotlar bazasi.

Купить